イグドラシルが新世界に必要のない全てのデジモンを消し去るため、デジモン削除プログラム。
しかし、そのXプログラムをデジコアに取り込み抗体を作り対抗するＸ抗体を生み出してデジコア内部に組み込むようになったデジモンもいる。
X抗体を持たないデジモンでもX緩和フィールド（Xプログラムによる浸食を防ぐ簡易フィールドを展開する装置）があれば感染を防げる。
空気感染する。

★粒子化（パーティクル）ワーム★
ワーム・デジモン破壊プログラム。
X抗体（プロトフォームも含む）でその効果を防げることから、Xプログラムという種類の中の１つだと思われる。
各粒子化ワームはナンバリングされている。

★Xウィルス★
メカローグをはじめとするデジタル生命体が感染エリアに出現する。(メカローグやXウィルスに対する説明が作品中にない）
オファニモンによるデヴァイン・オーラ（技なのかは不明）でXウィルスを抑えられる。

狡猾な七大魔王たちの放ったクラックプログラム。
デジコア中枢まで侵食しているためデジモンによる武力行使で「撃破」し、一時的に活動を停止させない限り解除できない。
感染力は四聖獣を犯すほど。
出典：デジモンバトルターミナル０２

デジモンが生まれるさらに前に作られたというデータ浄化プログラム。
不要なデータが増えすぎた場合にそれを処分するっというものであったが、デジタルワールドで異常発達し学習機能などを持った。
通常は空中に浮遊する泡のような存在で触れたデータを消滅させる。
デ・リーパーに浸食された環境の中で学習した情報よりエージェントを生み出す。

デジモンの能力を極限にまで高めるかわり、その理性を失わせ破壊神へと変貌させる禁断のプログラム。
古代のデジモン達によってこのパケット島に封印された。巨大化、狂暴化などの異常現象（イロード現象）を引き起こす
出典：デジモンフォーチュン

別次元デジタルワールド“ウィッチェルニー”で使われている「魔術」。
デビタマモンが使う古代の高等プログラム言語による「魔法」。
ピッコロモンの別次元の高度なプログラム言語による「魔法のような奇蹟」。
いずれもその場の情報を書き換え、世界に反映させる技だと考えられる。

デジタルワールドの管理システムが放つバグを排除するプログラム。
セントラルドグマ（中心原理）が特異（バグ）だと判断した存在を対象とするプログラムで短命化させる。
出典：カオスモンの詳細説明